Karriere am Julius Wolff Institut

Die Charité zählt zu den größten Arbeitgebern der Stadt Berlin. Als traditionsreiches Unternehmen mit einer mehr als 300-jährigen Geschichte bieten wir vielfältige Aus- und Weiterbildungsmöglichkeiten für die verschiedensten Berufsgruppen.

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Promotionsprojekt: 4-D Bioinformatics in Tissue Regeneration

Es besteht die Möglichkeit Mitglied der Berlin-Brandenburg School for Regenerative Therapies zu werden um am Promotionsprogramm dieser Graduiertenschule teilzunehmen.

Einsatzbereich

Im Rahmen des SFB 1444 ist am Berlin Institute of Health eine Doktorandenstelle zum Thema "4-D Bioinformatik der Knochenregeneration" zu besetzen, die gemeinsam von Profs. Georg Duda und Dieter Beule betreut wird. Die Selbstorganisation in der frühen Knochenheilung ist ein energieaufwändiger Prozess, der den Zellstoffwechsel beeinflusst und an dem neben Fibroblasten auch Immunzellen und Endothelzellen beteiligt sind. Diese Kaskaden der frühen zellulären Selbstorganisation werden durch mechanische Bedingungen moduliert und definieren den Aufbau der extrazellulären Matrix, der schließlich zu einer narbenfreien Heilung führt. Abhängig von der Selbstorganisation der beteiligten Zellen schreitet die Heilung voran - oder es bildet sich eine Narbe. Die grundlegenden Mechanismen, wie diese molekularen Kaskaden miteinander verwoben sind, sind noch unbekannt.

Ihr Aufgabengebiet

Im Rahmen dieses Teilprojekts im DFG-geförderten Sonderforschungsbereich (SFB 1444) soll die Rolle einzelner Zellmodulationen über die Zeit innerhalb einer 3D-Heilungszone untersucht werden.
Sie etablieren effiziente 4-D-Datenrepräsentations-, Integrations- und Zugriffslösungen und entwickeln Machine-Learning-basierte Ansätze zur Datenanalyse. Dies umfasst den Entwurf und die Entwicklung eines Metadatenmodells für die Daten des Konsortiums (basierend auf Elixir-Standards), die Erstellung von Datenimport- und Datenqualitätskontrollskripten für ein bestehendes Datenmanagementsystem. Sie werden mit CRC-Wissenschaftlern bei der Verarbeitung und Integration von Daten aus verschiedenen Bereichen zusammenarbeiten, um die 3D-Verteilung innerhalb einer Heilungszone zu charakterisieren. Neben den Einzelzelldaten werden auch die 3D-Informationen der extrazellulären Matrix bereitgestellt, wie z. B. µCT, SAXS, Histologie, Immunhistologie, die eine räumliche Auflösung der Prozesse ermöglichen. Diese Daten sind stark zeitabhängig und erfordern eine Technologieentwicklung, um effiziente 4-D-Analysen zu ermöglichen. Ein besonderer Schwerpunkt wird daher die Ermöglichung einer konsistenten und wiederverwendbaren Darstellung der räumlichen Auflösung (3-D) über Zeitpunkte hinweg sein, die für die verschiedenen molekularen, bildgebenden und anderen Massendatenarten, die im CRC generiert werden, anwendbar ist, sowie das Design, die Implementierung, das Testen und die Optimierung von Workflows und Machine-Learning-Methoden für die Analyse dieser komplexen biomedizinischen Daten. 

Ihr Profil

  • Masterabschluss in Mathematik, Informatik, Bioinformatik oder (Bio)Physik
  • Gute Programmierkenntnisse in Python und R oder ähnlichem erforderlich
  • Erfahrung in Data Science, Omics-Daten oder Bildanalyse ist ein Plus
  • Grundlegende Kenntnisse der Grundlagen der Biowissenschaften wären wünschenswert
  • Fähigkeit und Begeisterung, als Teamplayer in einem multidisziplinären, kollaborativen und internationalen Umfeld zu arbeiten 
  • Beherrschung der englischen Sprache in Wort und Schrift

 

Kontakt

Prof. Dr. Geog Duda (georg.duda@charite.de)

BIH - Julius Wolff Institut, Charité - Universitätsmedizin Berlin